Suas opções resumem-se a três métodos básicos:
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Sneakernet: Ou seja, copie seus arquivos do servidor Linux para uma mídia removível, como uma unidade flash ou um disco rígido externo. Parece que você já tem os arquivos no CD físico. Se o servidor Windows tiver uma unidade óptica, basta colocar o CD na unidade e copiar os arquivos.
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Monte um compartilhamento do Windows no servidor Linux: para isso, você provavelmente precisará instalar alguns pacotes no servidor Linux. Os pacotes específicos dependem da sua distro.
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Monte um compartilhamento NFS no seu servidor Windows. Você precisará instalar o cliente NFS, que faz parte dos recursos do Windows.
A opção 1 envolve copiar os arquivos duas vezes, mas é provavelmente mais fácil no geral.