(Nota: Se este é seu próprio servidor personalizado sem CPanel, esta explicação não é válida.)
A única solução que conheço é fornecida pela configuração da conta CPanel do ftp usada pelas empresas de hospedagem na web. Todas as empresas de hospedagem na web que eu conheço usam Cpanel para o cliente configurar seus sites.
Durante a configuração da conta FTP no Cpanel , é necessário definir a BASE (pasta inicial) para o usuário. O usuário do ftp só terá acesso ao diretório base e a todas as suas pastas filhas (pastas fora dele).
Por exemplo, se uma estrutura de diretórios é ...
.-dir1--.
dir0--| |-dir2--dir3--dir4
| L-dir5
.-dir6--.
L-dir7
Se userA tiver uma base definida como "Dir1", eles terão acesso a dir1 a dir5, mas não a dir0, a dir6 ou a dir7. Se userB tiver sua base definida como "dir2", eles só poderão acessar dir2, dir3 e dir4.
Além disso, nunca vi uma maneira de permitir acesso apenas a um diretório pai, mas não ao filho. Na minha experiência, eles têm acesso a todo o ramo de diretórios.
Eu não tenho conhecimento de nenhum outro meio de controle de diretório ftp - e é assim que faço em todos os meus sites. Eu não sei se o .htaccess pode de alguma forma ser usado para acesso ftp. Eu também não sei se definir a permissão de grupo em um sistema de arquivos Unix poderia ser usado para controlar o acesso do ftp.
Se você tiver acesso Cpanel e puder fazer a única pasta que precisa de acesso ao final de uma ramificação, seu problema será resolvido:)