Executá-lo dentro de uma máquina virtual, talvez?
A resposta curta é "não sem ajuda". Se o aplicativo for gravado de forma que haja várias janelas distintas que não estão relacionadas no SO como pertencentes ao mesmo aplicativo na maneira como o ALT-TAB manipula, a única maneira de fazer isso é reescrevendo o aplicativo. (difícil, mas provavelmente a melhor solução) ou contendo o aplicativo dentro de outro aplicativo que funciona como a "janela" do sistema operacional (e ALT-TAB).
A execução do aplicativo dentro de uma VM pode causar dificuldades ao copiar / colar, se essa for uma parte necessária da função do aplicativo, embora isso não seja intransponível. Além disso, você teria que alternar OUT da VM para ALT-TAB, mas isso seria apenas um único clique do mouse ou qualquer atalho de teclado funciona para o hipervisor escolhido, que, mesmo combinado com ALT-TAB, ainda seria menos do que a solução de espaço de trabalho que você está esperando evitar atualmente.