Se os dois SSDs tiverem as mesmas velocidades de leitura / gravação, não importa o que você usa um ou outro. Pode haver diferenças significativas de velocidade embora. Para avaliar a velocidade de leitura de um disco, você pode executar
sudo hdparm -t /dev/sdX
substituindo o sdX pelo nome real do seu disco, como mostrado, por exemplo, na saída de lsblk .
No entanto, se você tiver discos separados, poderá acessar os dois na velocidade máxima independentemente ao mesmo tempo, o que lhe dará talvez o dobro da taxa de dados normal, mas apenas no caso raro em que dados para ler ou gravar em ambos os discos em paralelo, o que normalmente não acontece com muita frequência. É difícil dizer se você notaria alguma diferença durante o uso normal.
Outra vantagem de ter /home no SSD separado e maior é que você pode fazer backup apenas do disco de dados completo ou reinstalar o sistema sem mexer nele (com cuidado!). Além disso, se o SSD do sistema menor morrer antes, seus dados não serão afetados. Também pode acontecer o inverso, nesse caso, você pode restaurar seu backup de dados e continuar usando-o com a instalação do sistema antigo.