Infelizmente, o OneDrive adiciona automaticamente essas pastas às Bibliotecas sempre que elas são inicializadas, e não parece haver nenhuma maneira de desabilitar esse comportamento. No entanto, existem soluções alternativas para resolver isso, como executar um pequeno programa na inicialização que remove as pastas do OneDrive das bibliotecas novamente. Veja a postagem de Emil Junker em este tópico .
Outra solução sugerida aqui é modificar as permissões do arquivo .library-ms
interno para que o OneDrive seja bloqueado de modificar o local da biblioteca. Mas isso é mais avançado, então eu recomendaria tentar a primeira solução alternativa primeiro.