mods-available/
vem por padrão com FreeRADIUS 3.x (Ubuntu 17.04 Zesty ou Debian Stretch).
Nas versões anteriores, modules/
continha principalmente os mesmos arquivos, mas não era tão consistente. Na série 2.x (que a sua versão do Ubuntu tem), a configuração SQL vive em /etc/freeradius/sql.conf
e algumas das configurações são ligeiramente diferentes.