Porque você está misturando coisas.
Sua lista assume o modelo de camada ISO / OSI. Dentro desse modelo, cada camada possui serviços / recursos distintos a serem implementados. Para um olhar mais atento, consulte o wiki ou outro site de terceiros. Quanto mais alto você for, mais específico ele geralmente será em relação à manipulação de dados específicos, em vez de dados gerais. Como um exemplo para protocolos de transporte:
The transport layer provides the functional and procedural means of transferring variable-length data sequences from a source to a destination host via one or more networks, while maintaining the quality of service functions.
O SOAP, por outro lado, tem uma definição diferente do que significa transporte dentro de seu contexto. Novamente, o wiki é uma boa referência.
Both SMTP and HTTP are valid application layer protocols used as transport for SOAP.
Do ponto de vista do SOAP, esses são usados para se transportar.