O Vagrant irá ssh com o usuário vagabundo para trabalhar sua mágica. Você pode especificar um usuário diferente com config.ssh.username (consulte link ). No entanto, parece que você não quer que o vagrant use qualquer usuário e, portanto, não há como evitar o problema.
Quanto à sua primeira pergunta, você deve deixar o vagrant terminar antes de destruir o usuário vagabundo. Então, novamente, não há como evitar isso também. : (