A única opção que eu sei que pode controlar o comportamento de exclusão de convite de reunião é o que você mencionou: Excluir solicitações de reunião e notificações da Caixa de Entrada depois de responder. De acordo com o meu teste, quando esta opção está desmarcada, o convite da reunião deve ser excluído após responder. Talvez você possa tentar criar um novo perfil de email do Outlook e configurar sua conta de email no novo perfil e, em seguida, ver se esse problema continua.
Além disso, se possível, tente configurar a conta de e-mail em outro computador e veja se o problema segue a conta.