A abordagem mostrada no artigo Registrar um Aplicativo para um Esquema de URI já está obsoleto.
Para o Windows Vista e versões mais recentes, consulte Registrando um aplicativo para uso com programas padrão .
Veja também Como adiciono novos aplicativos à lista "Set Default Programs" no Windows Vista / 7?
Como alternativa, você pode configurar seu arquivo .bat como "Terminal client" no WinSCP .
Isso fará com que o WinSCP abra seu arquivo .bat para os ssh://
URLs .