Só porque o sistema operacional é feito com a unidade, não significa que a unidade esteja pronta.
Ele possui seu próprio firmware e um cache local (concedido, é pequeno) que ainda pode estar gravando o que estiver em seu cache.
Além disso, pelo menos no lado do sistema operacional, mas também adivinhando o firmware, as opções de economia de energia desligarão a unidade com a maior frequência possível.
Se tiver apenas uma conexão USB que produz energia e dados, apenas diminua um pouco, não vai doer, e isso garantirá que nenhum dano nos dados seja interrompido precocemente.