No MATE, clique com o botão direito do mouse no menu e selecione "Editar menus" para obter o editor de menu:
Encontre as entradas do Telegrama na categoria Internet no aplicativo de edição de menu e desmarque uma delas. O processo é muito semelhante para o XFCE. Observe que, usando este editor de menu, você pode personalizar completamente o menu, mover as coisas e assim por diante. É bem legal: -)