Ou a sua escolha do sistema de arquivos é baseada em um sistema de arquivos muito antigo pelas razões erradas ou você está tentando usar o dispositivo USB para um problema muito específico que poderia ser resolvido de forma diferente.
Eu acho que você quer dizer que a soma de verificação da partição fat16 inteira foi alterada? quando o windows muda alguma coisa, você consegue descobrir o que ele faz? escrever uma pasta, arquivo ou dentro da tabela do sistema de arquivos? Talvez se você alterar o formato para que as janelas o aceitassem e o dispositivo de destino, uma soma de verificação diferente não importa.
de acordo com seu segundo ponto, você deseja usá-lo em vários computadores para um propósito muito específico. ive ler em vários lugares, o Windows 10 altera o formato: link poderia ser que o windows 10 alterasse seu sistema de arquivos para o Fat16 LBA?