Eu tive o mesmo problema uma vez para alguns usuários em nossa empresa. Eu descobri que às vezes ele mexe uma chave de registro quando você trabalha com 64 bits Notepad + + depois de trabalhar com 32 bits Notepad + + e vice-versa.
No entanto, encontrei a solução para esse problema aqui
e criou um arquivo fix_notepad.reg
contendo o seguinte:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\notepad++.exe\shell\open\command]
@="\"C:\Program Files\Notepad++\notepad++.exe\" \"%1\""
Corrige o problema se você instalou a versão de 64 bits agora.
Para o seu caso: Verifique a chave de registro especificada e corrija o caminho para o seu exe do Notepad ++. Depois disso, ele deve estar disponível na caixa de diálogo Abrir novamente e você pode defini-lo como padrão.