Encontrei a resposta para isso depois de conseguir reproduzir isso usando uma sessão do navegador no modo de navegação anônima. Consegui deduzir que estava relacionado aos checkouts que fiz no Git, e essa é uma das poucas configurações que transferem da sessão normal para o modo de navegação anônima.
Depois de acessar a guia Origens no Dev Tools, removendo o diretório de origem, o uso da CPU continuou normal, mesmo depois de alternar as ramificações. Então, basicamente, isso se resume a algum bug na funcionalidade do observador de arquivos dentro do Chrome, já que ele nunca fica lento, não importa quanto tempo ele foi concedido.