Você não citou nenhum site específico, mas como essa é uma pergunta de 2017, na qual não houve nenhuma aplicação geral de CT, estou achando que você acessou um site com um certificado emitido pela Symantec / Symantec-subsidiária.
Antes da completa desconfiança, eles foram condenados de que todas as certificações a partir de 2016-06-01 teriam que atender aos requisitos da CT.
Veja: link
E isso significa que o Chrome exigiria alguns bits especiais de informações adicionais para acompanhar um certificado. Estes são chamados SCTs (Timestamps de Certificados Assinados) e são uma espécie de prova de inclusão / prova de uma promessa de incluir esse certificado em um log de CT. O Chrome exigiu vários SCTs, alguns do Google registram alguns dos registros que não são do Google.
E quanto mais tempo o certificado for válido para os mais SCTs que você precisa.
E esses SCT podem ter vários mecanismos de entrega diferentes.
Detalhes aqui: link
Suponho que você estava navegando em um site que oferecia um certificado da Symantec, mas não fornecia SCTs suficientes para agradar o Chrome.