Bem, eu encontrei uma maneira de fazer isso que parece estar funcionando por enquanto, mas com certeza não é bonito.
A coluna A tem um conjunto de dados, digamos 200 valores totais.
A coluna B tem um segundo conjunto de dados, digamos 175 valores.
A coluna C verifica se o valor na coluna B está presente na coluna A
=IF(COUNTIF($A$2:$A$750,B2)>0,"Match","No Match")
A coluna E tem uma contagem que apenas registra onde estamos em relação ao final do conjunto de dados na coluna A
=IF(A2=0,MAX($E$1:E1)+1,"")
A coluna F tem uma contagem que aumenta sempre que a coluna C indica um valor único
=IF(C2="No Match",MAX($F$1:F1)+1,"")
A coluna G é onde os dois conjuntos de dados são combinados. Primeiro, lista os valores em A. Quando atinge o final da lista e começa a encontrar 0s, usa o índice criado na coluna E para encontrar o primeiro valor único em B e incrementa até atingir o valor final.
=IF(A2=0,IF(E2>MAX(F:F),"",INDEX(B:B,MATCH(E2,F:F))),A2)