Então, o que você precisa fazer é criar um script em lote do wrapper que será executado de forma invisível usando o VBScript. Esse arquivo em lote abrirá outra janela de comando para o script em lote principal que você deseja executar, e quando esse script for finalizado por qualquer meio, ele carregará nossos comandos restantes dentro do script
'Run Batch Invisible
CreateObject("Wscript.Shell").Run chr(34) & "C:\Path\Script Files\Wrapper.cmd" & Chr(34), 0, False
Em seguida, temos o wrapper.cmd:
REM Script: Wrapper.cmd
REM This script will Open another window, which, when closed will run a couple of commands.
SET "_BatchPath=C:\Path\Script Files"
SET "_BatchName=Your_Existing_Batch"
CALL START /WAIT "%_Batch%\%_BatchName%.bat"
MOVE /Y "%_Batch%\%_BatchName%.bat" "%_Batch%\%_BatchName%.bak"
Attrib +s +h "%_Batch%\%_BatchName%.bak"
GOTO :EOF
Este exemplo está usando os comandos de exemplo que você colocou.