De acordo com a documentação, mogrify modifica os arquivos sobrescrevendo enquanto convert cria uma cópia.
This tool is similar to convert except that the original image file is overwritten (unless you change the file suffix with the -format option) with any changes you request.
Para criar novos arquivos com seu esquema de nomenclatura e usar convert
:
convert *.tif -set filename:f '%t.org' '%[filename:f].tif'
Este comando cria novos arquivos no diretório de trabalho atual com o nome do arquivo anexado por .org
.