Eu finalmente descobri como fazer isso. Eu tive que ir para Render > Mais opções > Renderizar usando Clips Proxy (também aconteceu de usar o FFV sem perda, a.k.a * .mkv)
Não sei por que foi necessário usar clipes de proxy, mas foi o que aconteceu. Provavelmente porque os clipes eram raws de um aplicativo android / iphone chamado Marco Polo, que pode ter tido alguma codificação estranha para eles.