Apenas tendo exatamente o mesmo problema com um aplicativo que armazena algumas configurações em chaves de registro HKCU. Como não é possível cometer subchaves HKCU através de UWF nem excluí-las, parece que a única maneira de contornar isso é excluir o caminho em que a parte do usuário do registro é completamente UWF. Ainda não terminei o teste, mas parece que adicionar uma exclusão de pasta para "c: \ users" funciona. Claro, isso faz com que quaisquer alterações na parte do usuário do registro persistente.