As imagens ISO contêm formatação para mídia ótica que não é apropriada para mídia flash (que usa a mesma formatação de um disco rígido). Especificamente, os ISOs usam o sistema de arquivos Joliet da mesma forma que os CDs e DVDs, enquanto a maioria das mídias flash usa FAT32 ou exFAT (ou, raramente, NTFS). Eu só posso supor que as ferramentas que você está usando no Windows estão silenciosamente convertendo os arquivos para frente e para trás enquanto as ferramentas do Linux não estão.
Se você quiser usar arquivos de imagem para eliminar seus sistemas de arquivos de dispositivos flash, sugiro usar uma ferramenta de clonagem / criação de imagens de hdd / ssd como dd . Lembre-se, a mídia flash é funcionalmente indistinguível dos HDDs e SSDs no nível do usuário, então o que funciona para um deve funcionar para o outro (principalmente). Portanto, coloque os arquivos desejados no primeiro drive USB e, em seguida, faça a imagem com dd, em seguida, insira o novo drive USB e clone a imagem no novo drive com dd. Você pode até mesmo, potencialmente, fazer várias unidades USB de uma só vez, dependendo da largura de banda disponível no seu barramento USB (geralmente bastante).