Isto pode ser devido ao fato de que ambos os sistemas estão tentando mexer com o clock do hardware (aquele configurado em seu BIOS).
Embora o Windows dependa da hora do hardware para a sua hora local (GMT + 5: 30), o Ubuntu depende da configuração do UTC, configurando o relógio do sistema com base no relógio do hardware (UTC) e aplicando a diferença do fuso horário isso.
Uma solução (e a preferida) é deixar o Ubuntu lidar com o relógio do hardware e fazer um truque de registro no Windows para permitir que use UTC em vez de localtime .
A alternativa seria deixar o Windows gerenciar o relógio do hardware enquanto definia sua instalação do Ubuntu para usar o localtime e desabilitar quaisquer serviços de atualizações de relógio (como o NTPd).