Para ativar esses avisos de pouco espaço em disco (testados no Trusty Tahr 14.04 e Precise Pangolin 12.04) executam o seguinte:
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.housekeeping active true
Ou para desativar os avisos de pouco disco, execute o seguinte:
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.housekeeping active false
Se você preferir um gui você pode ver essas mesmas configurações com o editor dconf:
sudo apt-get install dconf-tools
Em Trusty, você pode pressionar Ctrl + F para acessar o recurso 'Localizar' e procurar por 'espaço em disco', em Preciso A funcionalidade 'Localizar' não funciona bem e você deve detalhar manualmente o seguinte:
org > gnome > settings-daemon > plugins > housekeeping
Aqui, você pode não apenas ativar e desativar o aviso de disco, mas pode alterar com cuidado muitas outras configurações:
Referências: