Do contexto da pergunta e da suposição de que seu nível de experiência é baixo, isso se aplica se você instalou o Ubuntu usando o wubi
(instalador baseado no Windows) que instalou em um único arquivo na partição do Windows e é usado como uma imagem de disco.
Se este for o caso, uma desfragmentação do Windows provavelmente moverá esse arquivo para uma área mais eficiente do disco (intacto e como um arquivo completo) ou moverá os outros arquivos ao redor dele - o que resultará em menos fragmentação. Então no , sua instalação do Ubuntu não será afetada.
Consulte a resposta do @ roadmr para a segunda parte - você não precisa desfragmentar sua partição Ubuntu
Além disso, se o seu disco for um SSD , a desfragmentação é desnecessária, independentemente do sistema operacional, porque é feita pelo controlador automagicamente .