Eu finalmente tive o suficiente e escrevi um pequeno aplicativo para monitorar meus atributos de arquivo.
Acontece toda vez que eu sincronizo com o TFS, os arquivos são marcados como somente leitura. Não consigo encontrar uma solução "vanilla" para evitar isso, por isso alterei o aplicativo mencionado acima para redefinir atributos sempre que for alterado.
Não sei se isso causará outros problemas. Mas por enquanto meu principal foi resolvido.