Na coluna A, tenha a duração em segundos.
Na coluna B, use esta fórmula para convertê-lo em frações de um dia: =B2/3600/24
Agora formate a coluna B usando esse formato personalizado para que seja exibido como desejado: m" min" s" sec"
Não se esqueça de incluir as aspas duplas, conforme mostrado na minha string; eles marcam as partes da string de formato que devem ser mostradas literalmente.
Agora você pode usar a coluna formatada no seu gráfico.