Problema interessante. Eu procurei um pouco, então aqui está outra abordagem. Quando você tem uma lista de arquivos e muitos arquivos para upload. Use o wput.
apt-get install wput
cat /you/large/file/list | wput ftp:/host/ -i -
Eu recomendaria ativar a saída detalhada com -v
Da página do manual:
-i file
--input-file=file
Reads URLs and filenames from file. ...
Você também pode usar find
para enviar nomes de arquivos para o wput.
find | wput ftp://host/ -i -
Mas, cuide dos caracteres de escape da shell na sua lista.