O GnuPG não suporta smartcards não OpenPGP. Embora geralmente isso seja possível (no final, o smartcard só armazena os números simples das chaves privadas junto com alguns metadados, mas não possui chaves completas do OpenPGP), ele não é implementado no GnuPG (e eu não estou ciente de nenhum outra implementação do OpenPGP suportando cartões inteligentes arbitrários).
Mas há alguns exemplos de tokens de segurança USB (que não são smartcards) implementando a interface de cartão inteligente OpenPGP: estou ciente de pelo menos o YubiKey e a Nitro Key em algumas edições.