Então, enquanto isso, descobri qual era o problema, e pensei em deixar uma resposta aqui, caso isso ajude alguém no futuro (perguntas não respondidas são apagadas eventualmente, eu acho). O problema estava relacionado ao programa que eu estava baixando - BLAST +. Acontece que se você quiser rodar a versão Linux do BLAST + em um emulador Cygwin, você precisa instalar um software adicional.
Em vez de fazer isso, descobri que o BLAST + tem uma versão do windows. Eu baixei esse (arquivo .exe) e agora as funções do BLAST são executadas bem na linha de comando do windows.