É possível montar / proc em um ambiente chroot - veja esta resposta para mais sobre isso.
Eu teria preocupações de que o programa não seria capaz de obter acesso a outros processos, uma vez que (se não todas) essas informações podem ser acessadas através de / proc (/ proc / [pid number] lhe dará acesso a este ).
Não está claro o que você quer dizer com "mudanças no sistema de arquivos", mas se essas mudanças forem para o sistema de arquivos, excluindo bits especiais como / proc, / dev / etc, elas permanecerão no chroot.