De uma resposta que eu fiz aqui
If you go to: Control Panel > All Control Panel Items > Language > Advanced settings
You will see an option to override default input method. You can set this to your wanted keyboard setting.
If you click on Change language bar hot keys (see image bottom) you can change the ALT+SHIFT or CTRL+SHIFT hotkeys. A button in the Advanced tab will say Change key sequence. From there you can choose the desired hotkey.
Se isso não salvar, pode haver algo errado nos regkeys. Ou o Windows simplesmente não salva suas configurações corretamente. Nesse caso, uma vez que você tenha configurado suas teclas de atalho corretamente, tente alguns passos desta resposta: Teclas de atalho de idioma removidas por si só no Windows 10