Isso se deve ao fato de que, mesmo que você não perceba, o clique se torna um clique duplo, porque às vezes não pressionamos o botão com firmeza suficiente. Assim, o primeiro clique abre o menu e o segundo abre o primeiro item, que é "abrir novo terminal", mesmo que você não consiga ver o menu porque é muito rápido.
Você pode tentar ajustar a variável multiClickTime para, digamos, 800 milissegundos:
echo "*multiClickTime: 800" >> $HOME/.Xresources
Isso basicamente ignora qualquer clique, a menos que tenha sido pelo menos 800 milissegundos desde o último (quase um segundo). Você pode diminuir o valor se achar que é muito longo.
Espero que ajude.