Use
ffmpeg -i main.mp4
-filter_complex "movie=bg.mp4:loop=200,setpts=N/FRAME_RATE/TB[bg];
[0]scale=iw/2:-1,pad=iw+20:ih+20:10:10:color=yellow[m];
[bg][m]overlay=shortest=1:x=(W-w)/2:y=(H-h)/2"
-c:v libx264 completed.mkv
Você pode ter que ajustar os argumentos da escala com base nos tamanhos relativos de seus vídeos.