Parece não ser implementado.
Você provavelmente terá que excluir a sessão armazenada no PuTTY e usar o comando Recarregar sessões do PuTTY no MTPuTTY.
É possível excluir um servidor com o MTPuTTY? Com PuTTY regular isso é possível, mas eu não consegui encontrar um botão ou atalho para fazer isso com o MTPuTTY. Estou usando o Windows 7.