Eu tive o mesmo erro quando tentei instalar o Poedit.
O configure de Poedit usa pkg-config para localizar as bibliotecas, mas o instalador do Lucene ++ não copia o arquivo liblucene++.pc para o diretório pkg-config .
A solução é apenas copiar o arquivo em {Lucene++Root}/build/lucene++.pc para um dos diretórios de pkg-config (você pode ver em man pkg-config ).