Eu evitaria a opção iframe e apenas verificaria uma solução de proxy direta. Se sua caixa do Linux está rodando o apache, você pode configurar o virtualhost no apache (se estiver usando outro domínio) ou uma diretiva de diretório / localização se for apenas para um suburl e você pode usar ProxyPass para procurá-lo no sistema Windows, como
<Location /windows>
ProxyPass http://192.168.1.1
</Location>
Onde 192.168.1.1 é o IP do servidor windows (você também pode especificar portas, etc)