O moderno SoC encontrado em ultra-books baratos usa o eMMC com especificações 5.x. A interface 5. + pode manipular uma taxa de dados de até 400 MBytes / s. Na maioria dos casos, o SoC teria um controlador eMMC dedicado, com interface paralela de 8 pistas.
USB 3.0 sticks, na prática, estão usando os mesmos eMMCs, mas com a ponte USB-para-MMC.
Parece evidente que a conexão direta com o eMMC IC é melhor do que uma conexão vinda de qualquer ponte.
É claro que o desempenho será diferente dependendo da arquitetura interna do chip eMMC usada em um determinado dispositivo. Mas será difícil encontrar um flash USB 3.0 com desempenho superior a 100 MBps em gravações e leituras. Todas as apostas são que o flash interno funcionará melhor para o sistema operacional.