Parece que não há solução para esse problema.
Re-formatei o HDD1 inteiro (com o espaço livre falso), depois copiei tudo de volta (demorei cerca de 6 horas) da unidade de backup HDD2. Agora ambas as unidades têm a mesma quantidade de espaço livre, então o HDD1 nunca teve nenhum problema físico, foi algum tipo de erro do Windows.
Se alguém tiver uma ideia do que causou isso e como evitar problemas como esse no futuro, avise-nos!