Seus pontos de montagem são definidos em /etc/fstab e essas opções serão usadas por padrão sempre que você inicializar.
Então, se você usar a linha:
/dev/hda2 / ext4 defaults,usrquota,grpquota 1 0 0
as cotas serão ativadas quando você inicializar.
Os comandos quotaon e quotaoff ativarão / desativarão as cotas na linha de comando.
Veja: link para opções adicionais.
Então, se você quiser desativar cotas por padrão, use noquota no fstab
/dev/hda2 / ext4 defaults,noquota 1 0 0