Você pode usar uma substring da variável date para isso.
Syntax:
%variable:~num_chars_to_skip%
%variable:~num_chars_to_skip,num_chars_to_keep%
Funciona assim para extrair ano, mês e dia:
set year=%date:~-4%
set month=%date:~-7,2%
set day=%date:~-10,2%
Agora você pode referenciá-los, por exemplo usando mkdir C:\folder\%year%\%month%-%day%
para criar uma estrutura como C:\folder17-25\
.
Se você precisar de recursos mais avançados para o manuseio de data, considere mudar para o PowerShell.