Não , nem todos os softwares que funcionam no Ubuntu 12.04 funcionarão no Xubuntu 12.04.
Você tem que entender as diferenças entre o Ubuntu e o Xubuntu são principalmente os ambientes de desktop: isso significa que a maioria dos programas rodam muito bem, exceto que eles são específicos para o ambiente desktop e os programas correspondentes (por exemplo, um gerenciador de arquivos diferente). thunar), diferentes gerenciadores de janelas (unity-compiz | xfwm4) e assim por diante).
Então: se o software do qual você está falando precisar especificamente do gerenciador de janelas ou gerenciador de arquivos etc., então este software não será executado sem problemas no Xubuntu. Você definitivamente será capaz de executar esses programas no Xubuntu, mas isso pode vir com problemas (como a mudança no gerenciador de arquivos, que pode substituir os ícones na área de trabalho, etc.).
As respostas dos outros autores provavelmente estão relacionadas a programas gerais como o libreoffice, firefox, etc, que não dependem de ambientes de desktop específicos.