Se você executar o mount simples, verá (entre outros) algo assim:
/dev/sdb1 on /mnt type whatever (rw,…)
/dev/sdb1 on /home/user/mountpoint type whatever (rw,…)
E mesmo que seu segundo comando usasse o diretório existente /mnt/foo/bar em vez de /mnt , o resultado acima seria o mesmo. Observe /dev/sdb1 em ambas as linhas. Conclusão: é um sistema de arquivos (ou parte dele) montado, não um caminho como /mnt/foo/bar .
Meus testes (no Kubuntu 16.04.3 LTS e no Debian 8) indicam que é possível usar umount em qualquer ordem. Parece-me que /mnt (ou /mnt/foo/bar ) no segundo comando é usado apenas para determinar qual parte do sistema de arquivos você deseja montar novamente. Depois disso, o segundo ponto de montagem é um pouco autônomo.
No entanto, se você fizer
mount --bind /mnt/foo/bar /home/user/mountpoint
rmdir /mnt/foo/bar
você não poderá criar arquivos nem diretórios em /home/user/mountpoint . Execute ls -a /home/user/mountpoint e você não obterá nada (nem mesmo . ).