Sua pergunta não está muito clara, mas aqui está minha interpretação e resposta:
Você tem duas sub-redes, ambas conectadas a um roteador Mikrotik: 192.168.5.0/24
e 192.168.6.0/24
.
Primeiro, você precisa fornecer ao roteador Mikrotik um endereço nas duas sub-redes. Por exemplo:
> /ip address
/ip address> add interface=ether2 address=192.168.5.1/24
/ip address> add interface=ether3 address=192.168.6.1/24
Agora, o roteador Mikrotik deve ser capaz de fazer ping de ambas as sub-redes, e qualquer coisa em um deve ser capaz de executar ping no outro, supondo que você não tenha regras de filtro especificamente configuradas para negá-lo.