Você precisa consertar a inicialização do Windows 7, para que possa inicializar a partir de seu "novo" disco sozinho.
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Corrija o registro de inicialização do MBR e da partição usando o bootsect.exe
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Corrija o BCD usando bcdboot.exe
Como alternativa, use o bootrec.exe no ambiente de recuperação.
Além disso, corrija a inicialização do Windows 7 usando o Reparo de Inicialização .
Observação: o GRUB pode carregar o Windows apenas se o Windows puder inicializar sozinho.