Há uma chance de que o ffmpeg reconheça que uma faixa de áudio não está vazia e só exportará essas faixas não vazias?
por exemplo: Eu tenho um arquivo de vídeo com 2 faixas estéreo e apenas no segundo canal esquerdo é o áudio, então eu só preciso dessa faixa mono.
Atualmente estou usando isso, mas aqui eu vou pegar os dois canais:
-filter_complex "[0:1]pan=1c|c0=c0[left];[0:1]pan=1c|c0=c1[right]" -map "[left]" "%%~na_left.wav" -map "[right]" "%%~na_right.wav"