Você pode usar em sua máquina virtual dois discos rígidos, um físico que você quer imaginar e outro é uma imagem virtual daquele físico. Para acessar a unidade física, crie um tipo de "ponteiro" no vmdk como
VBoxManage internalcommands createrawvmdk -filename /path/to/file.vmdk
-rawdisk /dev/vg1/vm_puppy
em seguida, no VirtualBox, crie duas unidades virtuais adicionais, uma para a imagem da unidade física e outra para um sistema operacional simples e leve.
Quando você terminar de configurar o "sistema simples de operação leve" e dentro dele, use apenas o comando dd
para criar uma imagem completa do disco rígido físico.
Quando você terminar de criar imagens e quiser usar o sistema clonado (que era do disco rígido físico), crie uma nova máquina virtual e alimente-a com imagem virtual clonada como unidade de disco virtual.
P.S.
Se você tem um disco rígido bem grande (sistema original que deseja clonar) e não sacrifica espaço na imagem clonada, você pode fazer de outra forma, criar um arquivo completo do original com o comando tar
e expandi-lo na máquina virtual . Desta forma, você pode reduzir o espaço usado pelo drive virtual. Você pode mover o arquivo do tar para a máquina virtual sobre a pasta compartilhada do VirtualBox. a única coisa que você precisaria fazer também é instalar o grub na unidade virtual onde você descompactar o arquivo
(espero que entenda o que você quer)