Não, não deve sobrescrever nenhum banco de dados. Quanto às configurações, o novo pacote pode ter arquivos de configurações atualizados (por exemplo, para um novo valor padrão ou uma configuração completamente nova), mas deve sempre pedir uma confirmação sobre a substituição das configurações. Esse diálogo também terá uma opção para comparar o novo e antigo arquivo de configurações e uma opção para manter as configurações antigas. Como você tem um backup, é seguro instalar a atualização.