Eu estou supondo que você quer dizer canela como ele vem no Linux Mint; e não outra aplicação ...
As configurações são armazenadas em dois locais:
~/.config/dconf/user
e
~/.cinnamon
Basta fazer o backup dessas pastas e restaurá-las na "nova" área de trabalho para restaurar suas configurações (e depois reiniciar o X)
Você pode ver as configurações usando o editor-dconf