Já tentou verificar a saúde do HDD? Normalmente, quando um laptop está tendo lentidão ou congelamentos aleatórios, isso significa, na minha experiência, que o HDD está tendo problemas, como problemas físicos. Tente clonar a unidade e depois inicializá-la, se ela não congelar, a troca de uma unidade nova pode funcionar.
Estou certo em supor que seu computador é um laptop e não uma plataforma?